晋祠牡丹亭是牡丹园的门户。牡丹花品种多样，且鲜艳夺目，被誉为“东方花王”；又因花朵硕大，绚丽多彩，被民间誉为“富贵之花”。所以，在中国很多地方建有牡丹园。晋祠牡丹园算不上很大，而园中的牡丹亭则不小。
牡丹亭建在牡丹园的西端。整体上看，这是一座兼作围墙的长廊，中间是主亭，两端是辅亭。主亭正对着晋祠山门，亭与门之间形成山门广场。牡丹亭活泼灵动，山门庄严俊雅，是晋祠景观动静结合的典型案例。牡丹亭前的北侧是晋祠天下景亭，亭下有流水；南侧是《晋祠》座屏，屏后有草坪，是典型的虚实相间的园艺手法。
主亭在长廊中部，朝西出抱厦，飞檐有挑角。题额“牡丹亭”，是傅山书法的集字，厚重而又朴拙。配联“唯有牡丹真国色；花开时节动京城”，这是唐代刘禹锡的诗句，由著名书画家董寿平题写。朝西的一面题额也是傅山书法的集字，配联“争奇斗艳朝含露；映雪铺霞夜染衣”。联句写尽了牡丹之美，因为每当牡丹花开，从早到晚都是景。朝含露，夜染衣，更是把赏牡丹的人文感受描写得如此美妙。
辅亭位于长廊的两端。北端是雍花亭，南端是溢芳亭。由于牡丹园北高南低，所以，园内南北花容气场各异。北部的花园略显收敛之态，故亭名“雍花”，谐音“拥花”；南部的花园呈现张扬之势，故亭名“溢芳”，谐音“宜放”。二亭均为四角亭，分别是牡丹亭长廊的首亭和尾亭。
主亭向西是晋祠山门，向东是伏龙山，使这座亭子既有靠山，又有面山；主亭向西有山门前的水流，微微成瀑；向东有园中的溪流，缓缓成河。这种山水环绕的格局，通过牡丹亭的映照，成为晋祠胜境中的出彩之景。
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