晋祠雨花寺始建于北齐年间，距今约1500年历史。北齐年间，佛教兴盛，民众常常燃灯祈福，每逢节庆，寺庙灯火通明，久而久之，燃灯祈福遂成地方习俗，并流传至今。今之雨花寺就是古“燃灯”寺之一，寺内供奉燃灯佛。佛教赞颂佛祖的功德如散花之雨，故称佛法为“花雨”。“花雨”落地为“雨花”，故又以“雨花”为寺名，全国建有多处雨花寺，晋祠雨花寺为其一，并经千余年而不改其名。
北齐以降，雨花寺屡经修缮。明洪武十年(1377)和清嘉庆二十三年(1818)曾重修，奠定今之格局。近代以来，雨花寺坍塌颓败，后于1984年原址重修，建筑格局保留了明清时期的样子。该寺之地旧属晋祠纸房村，今在晋祠公园西北侧。沿晋祠公园北线向西，过仙翁阁，偏西的高台便是雨花寺之所在。
雨花寺建筑格局如同一座平台上的四合院，坐北朝南，山门、照壁、大殿、偏殿、配殿，无一缺漏。
山门不大，晋水的一条支流从山门前流过，山门前的平台两侧，松柏长青，树木葱茏，寺庙环抱其中，显得格外幽静。山门两侧是钟鼓楼，微微高出山门，挺拔而又稳重。山门上题“雨花寺”三字，字体酷似魏碑，又有隶风，既有北朝粗犷之意，又见南朝淡雅之美。题联“不二色空红尘即是清修地；等观物我欲海常思植善根”，体现了佛教的“善根”理念和“清修”思想。
进入山门便是照壁，照壁上是一个大大的“福”字。过了照壁，迎面是大雄宝殿，题联“一瓣心香祈福祉；三声佛陀佑平安”。“祈福祉”“佑平安”，是在回应照壁上的“福”字，不断深化人们祈求福祉的美好愿望。
大雄宝殿东西两侧各有偏殿。东为观音殿，题联：“佛法无边超苦海；众生有愿渡慈航”。西为财神殿，题联“法门不二因缘得；财富逾千智慧求”。在民间信仰中，人们向观音求子，向财神求财，这是民众最朴素的追求。院中还有东西配殿。东配殿供奉二郎神，西配殿供奉土地神。在民间信仰中，二郎神管“天”，土地神管“地”，这是民众敬畏天地的朴素认知。
