朱元璋兩次大屠殺的對象，都是他初起兵時親如手足的患難朋友。他們為朱元璋出生入死，當他們以為可以分享富貴時，卻被朱元璋施以慘無人道的酷刑并株連九族。這兩次大屠殺不過是成批地死亡，事實上朱元璋每天都在屠殺。像皇太子的教師宋濂，是元末明初文才最為出眾的人物，朱元璋尊稱他是"圣人"，來往宮中如同一家，

　　平定云南的大將傅友德，父子同時綁赴刑場腰斬。平定廣東的大將朱亮祖，父子同時慘死在鋼鞭之下。大臣李仕魯在金鑾殿上表示辭職，朱元璋認為是看不起他這個皇帝，當即命武士將李仕魯摔下殿堂，腦漿崩裂而死。在所有共患難的朋友中，只有三個人保全性命，沒有被扣上謀反的帽子。一是常遇春，一是徐達，一是湯和。常遇春運气最好，天下還沒太平就早早地死掉。徐達的死和處決沒啥分別，他患一种疽瘡，最忌鵝肉。朱元璋偏偏送一碗鵝肉給他，并命送鵝肉的宦官在旁監視他吃掉，徐達一面吃一面流淚，當晚毒發身死。只有湯和一人壽終正寢，因為他看上去傻乎乎的，不具備承載野心的智商。在朱元璋統治時期，朝中人人自危，每時每刻都擔心飛來橫禍，官員們每天早上入朝，即跟妻子訣別，到晚上平安歸來，合家才有笑容。結果官員害怕白天，夜晚不上朝，皇帝也不處理公務，生存概率要大一些。

　　李善長是朱元璋的第二大謀臣和功臣，和朱元璋是儿女親家。但朱元璋對他仍不放心，必欲去之而后快。恰好其弟李存義和胡惟庸聯姻，朱元璋便借此大做文章，指使坐罪胡惟庸案的丁斌（李善長的私親）告發李存義曾串通胡惟庸謀反。獄吏對李存義父子施以重刑，二人熬刑不過，只好按獄吏的主意（實則是朱元璋的主意）"承認"是奉了李善長的指使，那時一班朝臣，希承意旨，聯章交劾善長，統說是大逆應誅，一樁"謀反案"就此制造出來。此時朱元璋還要故作姿態，說李善長是大功臣，應法外施恩。偏偏太史又奏言星變，只說此次占星，應在大臣身上，須加罰殛，于是太祖遂下了嚴旨，賜善長自盡。此時李善長已七十七歲，所有家屬七十余人，盡行處斬。只有一子李琪，曾尚臨安公主，得蒙免死，流徙江浦。既說占星應在大臣，則善長一死足矣，何必殃及家屬多至七十余人，可見都是事先安排好做戲給人看的。外如吉安侯陸仲亨、延安侯唐胜宗、平涼侯費聚、南雄侯趙庸、江南侯陸聚、宜春侯黃彬、豫章侯胡美即胡定瑞、滎陽侯鄭遇春等，一并押赴刑場處斬。

　　關于朱元璋瘋狂屠殺功臣元勛的心理動因，后世歷史學家有不同的解釋，最有代表性的解釋是朱元璋看到皇太子懦弱，擔心他死后強臣壓主，所以事先消除隱患。這种解釋有一則宮廷秩聞可為佐證：有一天皇太子勸說父親不要殺人太多，朱元璋把一根長滿了刺的棍子丟在地上，命皇太子用手拾起來。皇太子一把抓住刺棍，結果給扎破了手掌并連聲呼痛。朱元璋說：我事先為你拔除棍上的毒刺，你難道不明白我的苦心嗎！